Il existe un certain nombre de théories sur le magatama, mais on dit qu’il est né à l’âge de pierre, lorsque les gens ont commencé à fabriquer des pierres à partir d’os d’animaux et de poissons qu’ils portaient pour “éloigner les mauvais esprits”. Il existe également une théorie selon laquelle les pierres avaient la forme de la lune ou d’un fœtus afin d’attirer leur pouvoir. Selon la mythologie, les dieux Izanagi no Mikoto et Izanami no Mikoto ont donné une perle appelée Mikuratananojin à Amaterasu no Mikoto (Dieu du Soleil), en lui disant : “Tu régneras sur les cieux”. Il existe une théorie selon laquelle ces perles étaient les magatama. Ils ont longtemps été utilisés comme amulettes et accessoires.